DUB信号通路

细胞色素P450(CYP450)是药物代谢过程中具有关键作用的酶,化合物对CYP450的抑制作用可能会引起药物-药物相互作用,进而产生药物不良反应。因此,构建可以在药物设计早期阶段准确预测化合物对CYP450抑制作用的计算机模型具有重要价值。本研究从PubChem Bio Assamedical modely数据库中提取了17,000多种Regorafenib试剂化合物对五种常见CYP450亚型(CYP1A2、CYP2C9、CYP2C19、CYP2D6、CYP3A4)的抑制活性数据,根据活性将这些化合物划分为抑制剂和非抑制剂,获得了五个CYP450亚型的抑制剂数据集。基于这些数据集,采用9种分子指纹提取了分子的特征,然后采用随机森林(RF)、支持向量机(SVM)、极限梯度提升(XGBoost)算法构建了针对五种CYP450亚型抑制剂STM2457小鼠的分类预测模型,但模型性能受到数据集中阴性化合物与阳性化合物数量不平衡的影响,预测性能不佳。为了进一步提升模型的性能,本研究使用了编辑最近邻法(ENN)、少类样本合成过采样法(SMOTE)和Tomek links方法进行了不平衡数据处理,使用同样的建模方法再次构建模型,最终我们得到了性能更加出色的预测模型。模型的预测性能由100次重复的五折交叉验证方法和外部验证方法评估。在五折交叉验证中,五种CYP450亚型抑制剂分类模型的ROC曲线下的面积(AUC)可以达到0.961-0.998,准确性(ACC)达到89.5%-98.5%;在外部验证中,AUC值可以达到0.664-0.975,ACC值达到76.7%-94.3%。经过平衡处理后的模型敏感性(SEN)达到了91.5%-98.0%,特异性(SPE)达到了87.1%-98.1%,均在较高的水平上达到了平衡。本研究使用了三种方法来处理不平衡的数据集,经过处理后建立的模型性能显著优于处理前的模型,且模型没有发生明显的过拟合。这种不平衡数据的处理方法在已有的CYP450抑制剂相关研究中尚未被使用。为了探究CYP450抑制剂的结构共性,通过随机森林模型确定了几个对模型预测性能有显著影响的结构片段,这些结构极有可能会与化合物的CYP450抑制能力相关,也为药物设计等相关研究提供了更有价值的参考。

目的 检测结直肠腺瘤患者血清胃泌素、胃动素水平及高毒力幽门螺杆菌(Hp)感染情况，探讨高毒力Hp感染与胃泌素、胃动素水平及预后的相关性。方法 选取2017年10月至2020年5月该院收治的结直肠腺瘤患者209例作为研究对象，根据高毒力Hp感染情况分为高毒力Hp阴性组(113例)和高毒力Hp阳性组(96例)。检测两组患者高毒力Hp感染情况；采用酶联免疫吸附测定法检测血清胃泌素水平；采用放射免疫法检测血清胃动素水平；分析高毒力Hp阳性患者血清胃泌素与胃动素水平的相关性；分析结直肠腺瘤患者预后的影响因素。结果 高毒力Hp阳性组患者肿瘤多发、肿瘤最大径大于或等于0Plasma biochemical indicators.5 cm、进展期腺瘤、预后不良者比例均大于高毒力Hp阴性组，血清胃泌素水平高于高毒力Hp阴性组，胃动素水平低于高毒力Hp阴性组，差异均有统计学意义(P<0.GSK2118436作用05);高毒力Hp阳性患者血清胃泌素与胃动素水平呈负相关(r=-0.513,P<0.05);高毒力Hp阳性、胃泌素水平高是影响患者发生不良预后的独立危险因素(P<0.05)。结论 高毒力Hp感染可能通过影响胃泌素、胃动素表达水平对结直肠腺瘤发selleck BI 10773挥作用，影响患者预后，提示高毒力Hp阳性患者应及时进行结肠镜检查，尽早预防和治疗。

炎症是机体由于外界刺激而产生的一种保PF-03084014护性应激反应,其临床表现为发热、红肿、疼痛以及受损部位的功能障碍。按刺激途径,炎症可以分为感染性炎症和非感染性炎症。涉及炎症反应有许多酶类。5-脂氧合酶是(5-LOX)是催化白三烯(Leukotrienes,Lts)炎症反应的有效介质,其是与哮喘和动脉粥样硬化合成相关的mixture toxicology一种酶类。去甲二氢愈创木酸(NDGA)是5-LOX的天然正构抑制剂(底物竞争型抑制剂),3-乙酰-11-酮-β-乳香酸(AKBA)是5-LOX的天然别构抑制剂,分别结合在5-LOX的膜结合域和催化域之间。但目前我们还不清楚NDGA和AKBA如何影响5-LOX的构象变化,进而调控其生物学功能。本文基于分子动力学模拟研究正构抑制剂NDGA、别构抑制剂AKBA以及底物花生四烯酸结合后导致的5-LOX的动态构象变化。首先,我们分别将底物花生四烯酸与5-LOX以及5-LOX-AKBA复合物对接。然后将5-脂氧合酶与其底物花生四烯酸复合体、5-脂氧合酶空蛋白、5-脂氧合酶与其底物花生四烯酸和别构抑制剂AKBA,以及5-脂氧合酶和正构抑制剂NDGA,这4个体系进行时长200ns分子动力学模拟。结果如下:(1)分子对接的结果显示:5-LOX与底物花生四烯酸活性中心氨基酸残基为:Val243,Arg370,Ala446,Ser447,Leu448,Glu452,Ala453,Ala456,Arg457,Tyr470,Phe544,和Gln549。5-LOX和别构抑制剂结合氨基酸残基为:Val243,Arg246,Arg370,Thr444,Ser447,Leu448,Phe450,Ala456,Arg457,Tyr470,Thr545和Gln549。(2)动力学模拟的结果显示:发现别构抑制剂(AKBA)结合在5-LOX的别构位点上,会导致Ser182-Trp201残基区域有明显的二级结构变化(与空蛋白和5-脂氧合酶与其底物花生四烯酸,别构抑制剂AKBA复合体相比3-MA molecular weight)α-Helix的减少;正构抑制剂(NGDA)结合在5-LOX的活性中心结合后,其活性中心周围Gln437-Ala456区域的α-Helix增加(与空蛋白和5-脂氧合酶与其底物花生四烯酸复合体相比)。这两种α-Helix的改变可能就是调控酶的活性的原因。(3)协方差矩阵分析和丙氨酸扫描的结果显示:别构抑制剂的在第182-201位氨基酸残基上有明显的正相关运动,该部分残基突变为丙氨酸后,能量变化较大;正构抑制剂在第437-456位氨基酸残基有明显的正相关运动,该部分残基突变为丙氨酸后能量变化也较大。本文研究数据可以为开发新的5-LOX抑制剂提供新思路。

目的 研究SLCO1B1Rapamycin体内在肝细胞癌组织中的表达变化及其与免疫细胞浸润程度的关系，分析其对肝癌患者预后的影响。方法 通过TIMER2.0数据库分析SLCO1B1在肝细胞癌及癌旁组织中的表达差异，利用TIMER数据库分析肝细胞癌中SLCO1B1的表达与免疫细胞VX-661小鼠浸润的关系，并评估肿瘤浸润性免疫细胞对肝细胞癌预后的预测价值；利用Kaplan-Meier plotter数据库进行肝细胞癌生存曲线分析，分析在不同的临床病理条件下SLCO1B1的表达水平与肝细胞癌患者临床预后的相关性；使用TISIDB数据库检测肝细胞癌中SLCO1B1基因表达与28种淋巴细胞浸润的相关性；通过GEPIA数据库分析SLCO1B1和免疫细胞标记基因的相关性。结果 SLCO1B1在肝细胞癌的表达水平低于癌旁组织（P<0.05）;SLCO1B1高表达患者的总生存期（OS）、无复发生存期（RFS）、无进展生存期（PFS）、疾病特异性生存期（DSS）均Anterior mediastinal lesion高于低表达患者（P<0.05），且SLCO1B1的表达在肝细胞癌患者的某些临床特征（如男性、亚洲人、饮酒、未感染肝炎病毒等）中具有预后意义；SLCO1B1表达水平与B细胞、CD8+T细胞、CD4+T细胞、巨噬细胞、中性粒细胞、树突状细胞等免疫细胞在肝细胞癌组织中的浸润水平呈负相关（P<0.05）。结论 肝细胞癌组织中的SLCO1B1表达降低，其是一种与免疫浸润相关的肝细胞癌预后生物标志物，并可能作为肝癌新的治疗靶点。

目的 采用网络药理学和体外实验探讨小柴胡汤扶正祛邪的核心配伍“柴胡-黄芩-人参”治疗流行性感冒的作用靶点及信号通路。方法 筛选“柴胡-黄芩-人参”有效成分并对应靶点基因，并检索流感疾病靶点。应用Cytoscape3.6.1软件构建“柴胡-黄芩-人参”-流感-靶点-通路网络，筛选核心靶点基因，进行GO功能和KEGG富集分析。根据网络药理学结果，基于自噬途径以甲型H1N1流感病毒感染的狗肾（MDCK）细胞为研究对象，以柴胡-黄芩-人参和自噬抑制剂3-MA为干预药物，孵育12 h后，用Western blot法检测自噬标志蛋白LC3-Ⅰ、LC3-Ⅱ及自噬降解底物P62的表达量。结果PI3K/Akt/mTOR抑制剂 预测获得“柴胡-黄芩-人参”治疗流感的靶点102个，其主要活性成分有豆甾醇、β-谷甾醇、二甲氧基黄酮、千层纸甲素A、黄芩新素、荠苎黄酮、汉黄芩素等，其核心基因为AKT1、IL6、VEGFA、TNF、TP53、JUN、CXCL8等54个，涉及生物E-616452体内实验剂量过程及相关代谢通路多与炎症反应、各种代谢、免疫反应、细胞死亡等相关。根据以上网药预测结果及相关文献，筛选自噬途径进行细胞生物学层面的实验验证，结果显示，甲型H1N1病毒感染组与空白对照组相比，LC3-Ⅱ蛋白表达水平显著升高（P<0.01）。“柴胡-黄芩-人参”颗粒剂与病毒感染组相比，有下调LC3-Ⅱ蛋白表达的作用（P<0.01），并上调自噬降解底物P62蛋白的表达（P<0.05）。结Community infection论 小柴胡汤扶正祛邪的核心配伍“柴胡-黄芩-人参”对流感病毒抑制（如干预病毒吸附）和宿主因素调节（如免疫应答、活性氧调节、细胞死亡、各种代谢等）两方面都发挥着抗流感的作用，尤以调节宿主内环境的稳态（如自噬）为主，并通过体外实验初步验证，“柴胡-黄芩-人参”可能是通过调节AKT抑制甲型H1N1流感病毒诱导的细胞自噬，从而调控甲型H1N1流感病毒的致病作用，这也正与其体现的“扶正祛邪”治法高度吻合。

目的 探讨冠心病合并2型糖尿病(T2DM)女性患者血清尿酸(SUA)水平与冠状动脉(冠脉)病变程度的关系。方法 选取经冠脉造影检查确诊的冠心病女性患者263例(冠心病组，其中合并T2DM 91例),根据BMS-907351纯度SUA四分位数水平将冠心病组患者再分为A组(SUA≤231.5μmol/L)、B组(231.5μmol/Lgenetic gain女性患者67例作为对照组。检测各组SUA及HbAPuromycin体内实验剂量1c水平，采用Gensini评分评价冠心病组冠脉病变程度，分析SUA及HbA1c水平与冠脉病变程度的关系。结果 与对照组相比，冠心病组SUA及HbA1c水平增高(P<0.01)。冠心病组中，T2DM患者的SUA水平及Gensini评分均高于非T2DM患者(P<0.01)。A组Gensini评分低于B、C、D组(P<0.01);B组Gensini评分均低于C组和D组(P<0.05或P<0.01);C组Gensini评分低于D组(P<0.05)。SUA诊断冠心病的AUC为0.668 [95%CI(0.602～0.735)](P<0.01)。冠心病组中SUA诊断T2DM的AUC为0.641[95%CI(0.567～0.716)](P<0.01)。结论 SUA及HbA1c水平与女性冠心病患者冠脉病变程度关系密切，冠心病合并T2DM患者的SUA水平更高。

目的 探究白藜芦醇(Res)基于Janus激酶(JAK)1/信号转导与转录激活子(STAT)1信号通路减轻大鼠局灶性脑缺血再灌注损伤的作用机制。方法 采用大脑中动脉栓塞(MCAO)法建立大鼠局灶性脑缺血再灌注模型，并将大鼠随机分为假手术(Sham)组、脑缺血再灌注(I/R)组、Res低剂量组(10 mg/kg)、Res中剂量组(30 mg/kg)和Res高剂量组(60 mg/kg)各8只，观察各组神经功能缺失评分、脑梗死体积、脑水肿率，并以RT-聚合酶链反应(PCR)检测B细胞淋巴瘤(Bcl)-2、Bcl-2相关X蛋白(Bax)、含半胱氨酸的天冬氨酸蛋白水解酶(caspase)-3 mRNA表达水平，以Western印迹检测Bcl-2、Bax、caspase-3和JAK1、STAT1、p-JAK1、p-STAT1蛋白表达水平。结果 I/R组神经功能缺失评分显著高于Sham组，脑梗死体积、脑水肿率显著大于Sham组，阳性神经元数量显著多于Sham组，Bcl-2 mRNA和蛋白表达水平显著低于Sham组，Bax、caspase-3 mRNA和蛋白表达水平显著高于Sham组，p-JAK1、p-STAT1蛋白表达水平显著高于Sham组(均P<0.05);予以10、30、60 mg/kg剂量Res处理后，Res低剂量组与I/R组相比无明显变化(P>0presymptomatic infectors.05),Res中、高剂量组神经功能缺失评分显著低于I/R组，脑梗死体积、脑水肿率显著小于I/R组，阳性神经元数量显著少于I/R组，Bcl-2 mRNA和蛋白表达水平显著高于I/R组，Bax、caspase-3 mRNA和蛋白表达水平显著低于I/R组，p-JAK1、p-STAT1蛋白表达水平显著低于I/R组(均P<0.05),各组JAK1、STAT1蛋白表达水平相比无明显变化(P>0.05)。结论 Res处C59体外理可减轻大鼠局灶性脑缺血再灌注损伤，其机制可能是通过抑制JAK1/STAT1信号通路，降低其磷酸化水平，进而影响凋亡相关蛋白Bcl-2Adavosertib说明书、Bax、caspase-3表达有关。

鳗鲡疱疹病毒(Anguillid herpesvirus, AngHV)是鳗鲡(Anguilla)的一种重要病毒性病原，可引起养殖鳗鲡暴发“脱黏败血综合征”，给养殖者造成巨大的经济损失。开展AngHV的免疫原性蛋白研究对于开发AngHV的免疫学诊断技术及亚单位疫苗具有重要意义。为了获得鳗鲡疱疹病毒的免疫原性蛋白，本研究通过质谱分析AngHV病毒粒子结构蛋白，筛选到ORF36，对其氨基酸序列进行生物信息学分析，克隆至原核表达载体进行诱导表达；用纯化的重组表达蛋白制备兔抗多克隆抗体，评价该抗体检测AngHV的特异性、灵敏性Gefitinib molecular weight以及病毒中和效果，并对ORF36进行病毒粒子结构定位。结果显示，通过质谱鉴定出病毒的主要免疫原性蛋白ORF36；序列分析显示，ORF36无跨膜结构域，不含有信号肽，具有13个B细胞抗原表位，免疫原性良好；克隆ORF36至原核表达载体pET-30a，实现了其在大肠杆菌(Escherichia coli) BL21(DE3)中的高效表达，重组表达蛋白大小约为40 kD;ELISA检测显示，制备的兔抗ORF36多克隆抗体效价为1∶8 000;Western blot结果显示，该抗体能特异性识别感染AngHV的鳗鲡卵巢细胞系(eel ovary cell line, EO)及鳗鲡组织，最低可检测的内脏组织的病毒量为1 000 PFU；抗体中和试验表明，制备的兔抗ORF36多克隆抗体具有中和作用，能显著降低AngHV的病毒滴度；获悉更多ORF36的病毒粒子定位分析表明，ORF36是病毒粒子的结构蛋白且定位于核衣壳上。本研究鉴定出病毒的主要免疫原性蛋白ORF36，制备了具有病毒中和作用的ORF36多克隆抗体，明确了ORF36为AngHunderlying medical conditionsV核衣壳结构蛋白，为阐明ORF36在AngHV侵染过程中的作用及开发病毒亚单位疫苗提供了参考。

https://www.selleck.cn/products/s-gsk1349572.html为了提高小米糠的利用率，为小米糠的综合利用与高值开发奠定一定理论基础，采用碱溶酸沉法制备了小米糠蛋白，用碱性蛋白酶酶解后使用超滤管对酶解的蛋白样品进行超滤，从而得到3组不同分子质量（MW）的多肽组分（MW<3 ku、3 ku10 ku），进一步对这3种组分小米糠多肽的抗氧化活性进行研究。结果表明，MW<3 ku的多肽组分体外抗氧化活性最佳，当多肽质量浓度为6 mg/mL时，对ABTS自由基、DPPH自由基和羟自由Emricasan纯度基的清除率分别达到了90.28%、78.43%和34.23%，具有较强的自由基清除能力。将MW<3 ku的小米糠多肽组分作用于秀丽隐杆线虫后，线虫寿命较对照组显著提高，在质量浓度为20μg/mL时延长寿命效果最佳；Medical coding线虫运动和咽抽能力试验结果表明，20μg/mL的小米糠多肽能显著增强线虫运动能力和咽抽速率。进一步采用液质联用技术（LC-MS/MS）对小米糠多肽进行了测序，并结合分子对接技术预测了小米糠代表性肽ASEGGHGPHWPLPPF与髓过氧化物酶（Myeloperoxidase,MPO）的作用方式，结果显示，该肽与MPO活性位点具有强烈的分子相互作用，推测其具有抵抗体内氧化应激的能力。

目的研究EH结构域蛋白2(EHD2)对HER-2阳性乳腺癌细胞曲妥珠单抗(TZB)敏感性的影响及作用机制。方法联合分析GEO、Kaplan-Meier plotter及TCGA数据库,筛选出与乳腺癌细胞TZB敏感性密切相关的基因EHD2。体外培养人乳腺癌细胞BT474,将其分为敏感组、抵抗组及干扰组,敏感组用PBS处理12周后转染PX459-Control载体,抵抗组用0.5、1、2、4、8、16μg·mL~(-1)TZB诱导12周后转染PX459-Control载体,干扰组用0.5、1、2、4、8、16μg·mL~(-1)TZB诱导12周后转染PX459-sgEHD2载体。CCK-8实验检测细胞的TZB半抑制浓度(IC_(50)),实时荧光定量NN2211PCR及蛋白质印迹法检测EHD2及其潜在下游基因血小板源性生长因子β受体(PDGFRβ)的表达。结果GEO数据库显示,EHD2在TZB抵抗的乳腺癌细胞中表达显著上调(P<0.05);Kaplan-genetic enhancer elementsMeier plotter数据库分析发现,EHD2高表达与HER-2阳性乳腺癌患者预后不良显著相关(P<0.05),与HER-2阴性乳腺癌患者生存时间延长显著相关(P<0.05);TCGA数据库分析显示,乳腺癌组织中EHD2与PDGFRβ表达水平呈正相关(P<0.01)。与敏感组比较,抵抗组与干扰组TZB的IC_(50)显著升高,抵抗组EHD2、PDGFRβ的表达均显著上调,干扰组EHD2表达显著下调,PDGFRβ表达显著上调,差异均有统计学意义(P<0.05);与抵抗点击此处组比较,干扰组TZB的IC_(50)显著降低,EHD2、PDGFRβ的表达均显著下调,差异有统计学意义(P<0.05)。结论EHD2可促进HER-2阳性乳腺癌细胞的TZB抵抗,其机制可能与上调PDGFRβ表达有关。