速生树种黄梁木基因组SSR引物开发与应用

黄梁木(Neolamarckia cadamba)是中国南方重要的乡土速生树种,具有较高的生态与经济价值。为了获得一套多态性较好且稳定的黄梁木SSR引物,进而探究黄梁木遗传背景及亲缘关系,并开展种质鉴定与筛选相关工作,本研究利用来自8个居群的20份样本,基于黄梁木全基因组草图序列,开展了黄梁木引物设计与开发工作。利用基因组浅层测序方法,对黄梁木进行全基因组测序,使用SPAdes软件进行数据拼接,并利用MISA软件进行SSR位点检索。在黄梁木基因组序列上识别出206 659个SSR位点,平均2.78 kb碱基有一个SSR位点。其中,单核苷酸为主要重复类型,占总SSR的84.40%,其次为二核苷酸,占总SSR的11.77%。6种核苷酸基元的重复次数主要在10~12次,占比分别CP-456773分子量为31.34%、16.37%和11.35%。本研究筛选出25对扩增稳定的SSR引物,每对引物的平均等位基因数(Na)为18.2,有效等位基因数(Ne)为1.876~22.23,Shannon信息指数(I)为1.137~2.244,观测杂合度(Ho)为0.246~0.908,期望杂合度(He)为0.467~0.955,多态性信息含量(PIC)为0.459~0.953,表明筛选的SSR引物具有较好的多态性。利用该www.selleck.cn/products/ABT-26325个标记对不同来源的20份黄梁木种质进行聚类分析,发现黄梁木群体间存在明显的遗传分化。本研究开发的SSR引物具有较高的实用性,为黄梁木的种质资源鉴定、优质种源筛选、核心种质T cell immunoglobulin domain and mucin-3构建及遗传多样性分析提供一定的参考。