中国西南横断山区是生物多样性极为丰富的地区之一,是开展植物起源与演化的理想区域。现在的谱系地理学研究表明“天空岛”效应对于横断山地区高山植物物种的遗传分化产生了重要影响,但位于中国西南地区的云贵高原乌蒙山系高山地区的“天空岛”效应研究还非常薄弱,该地区与横断山区天空岛之间有着怎样的联系,这些问题还未见研究。本研究将高山冰缘特有植物拟耧斗菜(Paraquilegia microphylla)作为研究对象,使用高通量浅层二代测序方法对采集自中国西南山地17个居群点共计130个拟耧斗菜个体进行测序,通过拼接注释等分析得到叶绿体基因组数据和核糖体基因数据,通过构建系统发育树,估算分歧时间、AMOVA、遗传多样性分析、失配分析、中性检验和种群历史多样化率等常规谱系地理学分析得到拟耧斗菜的遗传格局及分化时间等结果:中国西南地区的拟耧斗菜呈现出了明显的居群结构,开始分化于3.23Mya,叶绿体数据和核糖体数据分别得到38deep fungal infection种和32种单倍型,没有发生过种群扩张。此外还INCB018424使用最大熵模型Max Ent进行种群生态位模拟和使用Arc GIS进行最小成本距离廊道的分析。研究结果发现:(1)中国西南山地的拟耧斗菜居群之间没有共享单倍型,且有较高水平的物种遗传多样性和较低水平的居群内的平均遗传多样性,“天空岛”效应对中国西南山地拟耧斗菜的物种遗传分化产生了显著影响,居群内遗传多样性相对保守,即表现出原地多样化的特点;(2)中国西南山地拟耧斗菜居群的演化开始于上新世中期,主要演化过程发生在第点击此处四纪,且处在物种遗传多样化增加的过程,“天空岛”效应对于该地区该物种的遗传分化作用仍处在摇篮期;(3)末次冰盛期对于中国西南山地拟耧斗菜种群的迁移影响有限,中国西南山地特别是乌蒙山系地区的居群基因交流可能性非常低,这可能与该地区的较大河流及高山峡谷的地势特点对拟耧斗菜产生较强的隔离作用所致,该区域的拟耧斗菜在冰期来临时以就地避难为主。此外,从物种分布模拟发现中国西南山地的拟耧斗菜对于温度比降水更加敏感,在全球气候变化的大趋势下该物种在西南地区孤立天空岛的种群规模可能会受到收缩乃至灭绝的风险。综上所述,本研究揭示了“天空岛”效应对中国西南山地高山植物拟耧斗菜遗传结构的影响,以及第四纪以来冰期-间冰期对于该区域拟耧斗菜遗传格局的影响。本研究为高山天空岛植物类群的谱系地理学研究提供了一个典型案例,并且为类似拟耧斗菜分布的物种保护和利用提供了科学依据。